硅藻土的吸附性能與它的物理結構和化學結構密切相關，一般來說，比表面積越大吸附量越大；孔徑越大，吸附質在孔內的擴散速率越大。硅藻土表面為大量硅羥基所覆蓋，并有氫鍵存在，羥基也在硅藻土細孔內表面分布，這些羥基是硅藻土具有表面活性、吸附性的本質原因，表面的羥基越多，則吸附性能也越好。
       硅藻土的物理吸附過程：空氣中的水分子和有害氣體分子在永小停息的運動著，不斷碰撞硅藻土壁材表面，當碰到大孔時，多數被返回到空氣中；碰到孔徑小于分子直徑的孔時，或未碰到孔時便彈回空氣中；而當碰到孔徑約為分子直徑倍的微孔時，便進入了孔隙中，被硅藻土分子吸住而難于跑出，這些分子又被接著來碰的分子碰著向孑深處推移，直至孔隙被這些分子填滿為止。